Das trifft dann wohl meine Vermutung....
Da ich mal davon ausgehe das nichts im Autostart steht...
Durchsucht mal den Registrierungseditor (Start -> Ausführen -> "Regedit" eingeben) nach den Begriffen "Run", "Run Services", jeweils als ganzes Wort und mit der Option "Schlüssel"
Schaut nach ob da Einträge für "Explorer.exe" stehen.
Ferner könnte ein weiterer versteckter Aufruf auch in der Win.Ini stehen, dort direkt am Anfang gucken ob unter "Load=" oder "Run=" Explorer-Aufrufe stehen.
Das mal so als erste Idee
So, und das als 2. Idee:
1. Schau, ob einer dieser zwei Reg-Strings zweimal vorhanden sein sollte (ebenfalls mit Regedit): HKEY_LOCAL_MACHINE\ Software\ Microsoft\ Windows\ CurrentVersion oder HKEY_CURRENT_USER\ Software\ Microsoft\ Windows\ CurrentVersion. Wenn ja, Reg sichern und den doppelten String löschen (nicht beide!).
2. Schau nach dem Reg-String HKEY_CURRENT_USER\ Software\ Microsoft\ Windows\ CurrentVersion\ Explorer , ob der Wert von DesktopProcess mit "1" gesetzt ist. Wenn ja, dann setze ihn auf "0"