Eine gute Möglichkeit wäre auch das du dir die Festplatte nimmst, an einen anderen Pc anschließt (sofern vorhanden) und die Daten rüberspielst. Ist alles gesichert, kannst du die Partition löschen und dann wieder neu einrichten. Aufjedenfall kannst du sicher sein das alles Weg ist von der Festplatte.
Nur wenn du die Partition löschst, dann vergess die Startdisk nicht...
Und nochwas: Warum willst du dir Win2000 draufmachen ? Ich empfehle entweder XP oder 98SE, sonst nix.