welche Opera-Version hast du ? Im neuesten versuchs mal mit Einstellungen -> Fenster/Seiten -> PopUps -> Nur angeforderte PopUps zulassen
so heissts zumindest in der Karsten Mehrhoff Sprachdatei für den Opera 7.11. Sollte aber eigentlich bei allen zu finden sein.
Ich weiss es übrigens nicht sicher, da ich keine PopUp-Probleme habe

aber das hört sich gut an. Du kannst auch einstellen, dass du gar keine PopUps mehr haben willst.
Dass du per Rechtsklick auf die Fenster alle ausser deinem aktiven schließen kannst (und damit auch um die nervigen Exit-PopUps rumkommst), weisst du aber ?