Hört sich entweder nach einem Problem mit dem Grafik- oder Maustreiber an.
Ich kann bei mir sowohl in RA2 als auch in TS problemlos zum Desktop und wieder zurück wechseln, habe aber in RA2 auch schon erlebt das die Maus nach der Rückehr ins Spiel plötzlich weg war

Kannst du mal was zum verwendeten OS (9x, Me, 2000), der Graka und der Maus posten und die Treiber für beides angeben?