Ja, so weit ich mich erinnere werden die Savegames wegen Balancing-Änderungen unspielbar.
Spiel also erst durch (die Missionen betrifft das sowieso nur peripher) und mach dann das Upgrade
Wenn du nun schon gepatcht hast, solltest du die Saves sichern, das Spiel de- und neu installieren und dann die Saves wieder zurückkopieren.
Danach sollten sie funktionieren.