kommt drauf an, wenn du Loki frägst bestimmt ned...
Ne im Ernst: wenn du die HDD über eSATA betreibst hast du keinen aktiven Wandlerchip zwischen HDD und Mainboard, wie bei USB zB.
Was du ausprobieren könntest: Sata-Kabel vom Mainboard (nicht den eSATA-Anschluss verwenden) zur HDD im Gehäuse legen, damit bist du zumindest schon mal auf einem anderen Kanal. Falls das gut geht kannst du ausprobieren, ob dein PC das ohne Beanstandung durchmacht.
Allerdings vermute ich wie hier schon angedeutet wurde eher Fehler in der Datenstruktur oder -übertragung, an der Windows dann hängenbleibt. Das könnte evtl, ein Treiberproblem sein, aber Hardware ist auch nicht 100% auszuschließen.